Sota-aika vaikutti Fazerin toimintaan monella eri tavalla. Suklaan valmistus loppui vuonna 1940 ja sokerin ja rasvan määrää rajoitettiin kekseissä. Hangossa ollut Fazerin keksitehdas evakuoitiin Helsinkiin ja Fazerin tuotantolaitokset valmistivat makaronia puolustusvoimien käyttöön.

Sota-aikana sokerin ja kaakaopapujen tuonti Suomeen supistui voimakkaasti, joten korvaavia tuotteita piti keksiä. Juurikassiirapin ja paahdettujen soijapapujen avulla valmistettiin mm. Ravitolia, jonka maku ”toi etäisesti mieleen kaakaon”. Muita sota-ajan tuotteita olivat puolukkamarmeladi, omena-pihlajanmarjamarmeladi, porkkana-omenamarmeladi ja erilaiset keksit. Lakritsin valmistuksessa oli joitakin taukoja sota-aikana kun raaka-aineita annettiin lääkintäkäyttöön.  Vuonna 1947 Fazer toi markkinoille Pariisin rauhansopimuksesta innoituksensa saaneet Pax –pastillit. Vuonna 1949 suklaa vapautettiin säännöstelystä ja vanhat tuotteet alkoivat palata valmistukseen.