Krigstiden påverkade Fazers verksamhet på många sätt. Då kriget flammade upp 1939 omvandlades Fiskartorpet på Mannerheims förslag till krigssjukhus. Byggnaden var i försvarsmaktens användning också under fortsättningskriget. Chokladtillverkningen avbröts år 1940 och mängden socker och fett i kex begränsades. Fazers kexfabrik, som fanns i Hangö, evakuerades till Helsingfors och Fazers produktionsanläggningar tillverkade makaroner för försvarsmakten.

Under krigstiden minskade den finländska importen av socker och kakaobönor kraftigt, så man måste komma på ersättande produkter. Med hjälp av rotfruktssirap och rostade sojabönor tillverkades bland annat Ravitol, vars smak ”påminde om kakao”.  Lingonmarmelad, äppel-rönnbärsmarmelad, morot-äppelmarmelad och olika slags kex tillverkades också under kriget. Lakritstillverkningen avbröts emellanåt under krigstiden då råvarorna behövdes för läkemedelstillverkning. År 1947 lanserade Fazer Pax-pastillerna, som inspirerats av Parisfreden. År 1949 ransonerades chokladen inte längre och de gamla produkterna kom så småningom tillbaka i produktion.